Чи достатньо електронної копії документу для надання ДФС України або іншим перевіряючим органам у разі перевірки?

Так, за умови наявності на документі діючого на момент підписання КЕП/ЕЦП.

Але що ж робити в разі податкової перевірки? 
Як надавати податковій службі відомості з електронної програми?

При виїмці державними органами можуть вилучатися оригінали. В цьому випадку документи надаються в наступному порядку: Електронні документи записуються на компакт-диск з можливістю одноразового запису (носій типу CD-R або DVD-R). Відповідно до статті 7 Закону України «Про електронні документи та електронний документообіг» оригіналом електронного документа вважається електронний примірник документа з обов’язковими реквізитами, у тому числі з електронним цифровим підписом. Електронні носії передаються представникам державних органів. Після цього вони можуть перевірити підписи в електронних документах за допомогою надійного засобу КЕП/ЕЦП. Засіб КЕП/ЕЦП вони можуть отримати у розробника. Якщо при виїмці державні органи повинні отримати лише копії, то електронні документи роздруковуються на папері.

Паперові копії завіряються підписом керівника підприємства і печаткою в порядку, встановленому для паперових документів. Відповідно до статті 7 Закону України «Про електронні документи та електронний документообіг» копією електронного документа на папері є візуальне подання його на папері, яке засвідчене в порядку, встановленому законодавством. Завірені копії документів передаються представникам державних органів